沙眼衣原體陽性爲性傳播疾病，患者需與伴侶同治。首先需進行支原體藥敏試驗，並根據藥敏試驗結果，選擇合適的抗生素藥物治療，臨牀常用抗生素包括四環素、紅黴素、左氧氟沙星等。
沙眼衣原體陽性主要由性接觸傳染，屬於性病的一種。一般這類病人都存在高危性生活史，或有多個性伴侶，臨牀表現爲外陰瘙癢、陰道分泌物增多、宮頸充血水腫以及尿頻、尿急等。嚴重者會存在宮頸管內部，可影響女性正常受孕。
女性感染沙眼衣原體，應先進行支原體敏感藥物培養，並使用敏感抗生素藥物治療，如紅黴素、左氧氟沙星、四環素類等，通常用藥兩週便可治癒。但由於屬於性傳播疾病，有伴侶者需跟伴侶共同治療，治療期間還應避免同房，以免交叉感染。
