目前臨牀尚無特效的生殖器皰疹的治療方法，一旦染上又容易復發，因此預防是很重要的。道德標準是最重要的，不搞性亂，潔身自愛，一夫一妻，白頭偕老。生殖器皰疹患者在性活動中應使用避孕套，使用避孕套前應檢查有無破口，使用時防止滑脫，使用後應防止遺漏等。由於病毒極其微小，數量很多，儘管使用避孕套，也不能絕對避免病毒通過，但採用避孕套，對防止染上皰疹病毒及其他性病仍不失爲一個行之有效向又簡單易行的方法。
預防生殖器皰疹的復發是一個困難的課題。雖然目前有抑制皰疹病毒的藥物如阿昔洛韋（無環鳥苷）等，用於生殖器皰疹發作初期，有縮短病程，減輕症狀的作用，但並不能防止復發。長期連續服用，有阻止復發的作用，但有耐藥的現象出現，使服用藥物也不能控制復發。患者平時應注意勞逸結合，加強體育鍛煉，增強體質，在性生活上應適度。對目前正患生殖器皰疹者，由於病變部位有大量皰疹病毒，容易傳染給他人，因此在皰疹沒有癒合之前應避免性生活。
