關於HGV的致病性問題，目前尚有爭議。一些學者認爲它並不致病，某些HGV標誌陽性者有肝炎表現，可能是由另一種與HGV伴隨存在的未知肝炎病毒所致，其理由如下:①HGV基因組無核心區，提示是一種有缺陷的病毒;②兩隻黑猩猩感染HGV後，曾追蹤觀察6年零3個月，其血清HGV持續陽性，說明發生HGV的持續性感染，但一直未出現肝炎，血清丙氨酸轉氨酶正常，肝組織學也未見炎症改變，③多數HGV攜帶者的血清丙氨酸轉氨酶正常;④乙肝和丙肝病人合併感染HGV後，病情並不加重，其血清丙氨酸轉氨酶水平與單獨感染乙肝或丙肝病毒者無顯著差異。但一些學者則認爲庚肝病毒感染可引起急性和慢性肝炎，還可能與急性重型肝炎有關。現將有關內容綜合如下。
HGV感染者可能有6種轉歸。①病毒很快被清除，機體呈一過性隱性感染;②病毒慢性攜帶，但無臨牀症狀，爲正常攜帶狀態;③出現急性肝炎表現，但很快恢復，病毒被清除，血清丙氨酸轉氨酶(ALT)降至正常水平;④延遲恢復，ALT有間歇性增高;⑤病情遷延，反覆發作，形成慢性肝炎;⑥可能引起暴髮型肝炎。
的急性感染據報道，大多數HGV急性感染呈亞臨牀型或無黃疸型，僅約59%的HGV感染顯示有轉氨酶的升高，其他則可能是“健康”攜帶者和靜止期的病人。Alter等對268例急性肝炎病人的病原及臨牀分析發現，47例非甲～戊型肝炎病人中，13%的血中HGVRNA()，其平均轉氨酶(ALT)水平爲1689U/L，總膽紅素(TBil)水平爲164μmol/L。Fukushima等對急性庚肝與急性甲、乙、丙型肝炎作比較發現，其在年齡、性別、AST、TBil及臨牀過程均無明顯差異，僅ALT與丙肝有較大不同，HGV感染ALT平均爲1484.7U/L，HCV感染爲639.6U/L。也有報道認爲，庚型肝炎臨牀症狀輕，黃疸及ALT值較丙型肝炎低。
HGV可通過輸血途徑導致輸血後肝炎。Feinman等分析了20例非甲～丙輸血後肝炎，其中3例檢測HGVRNA陽性，而此3例在輸血前血清HGVRNA陰性，陽轉時間是在輸血後6～24周，其臨牀過程，除1例有輕微症狀外，餘2例無不適，3例均有ALT升高。隨診5年，無1例轉成慢性。但1例持續5年HGVRNA陽性。
的慢性感染有作者認爲，HGV所引起的慢性肝炎約佔所有慢性肝炎的10%。在非乙非丙慢性肝炎中，HGV引起者約佔16%，但在慢性丙型肝炎患者中，HGV的感染率卻達18.75%。在一組資料中發現，慢性庚型肝炎患者的平均年齡較高，分佈在53～68歲間。在這些患者中，大多數在確診爲肝硬化的一年中死亡。有學者認爲，庚型肝炎的慢性化率可能低於丙型肝炎，到發生肝硬化需要較長的時間，但一旦發生肝硬化，病情進展極快。但也有學者認爲，雖然HGV感染可出現慢性感染或病毒攜帶狀態，而且非甲～戊型肝炎中HGVRNA檢出率較高，但並不能由此認爲HGV感染可引起慢性肝炎。Alter等對4例HGVRNA陽性的急性非甲～戊型肝炎病例隨訪1～9年，無1例發展爲慢性肝炎。但其中3例HGVRNA持續陽性，這一結果提示這些病人爲慢性HGV攜帶者，其急性肝炎症狀與HGV感染無關。此外，另一些研究發現，HGV的檢出率在ALT正常供血員與ALT異常供血員之間無明顯差異。這一結果也提示HGV慢性感染並不導致肝功能損害或慢性肝炎。
與暴發型肝炎關於HGV引起暴發型肝炎的問題，尚有爭論。一些報道在非甲～戊型暴發型肝炎患者血清中檢出HGVRNA，認爲HGV可引起暴發型肝炎，患者臨牀上表現爲亞急性經過，除個別患者很快發生昏迷外，多數患者從出現症狀到昏迷均經過14～19天，有持續的ALT波動及血清膽紅素的增高。HGV所引起的暴發型肝炎可能與HCV所引起的暴發型肝炎有相似的臨牀經過。但也有一些研究提出不同的論點，他們在9例非甲～戊型暴發型肝炎患者血清中未能檢測到HGVRNA。以上研究結果出現的差異，一方面是由於研究的病例樣本太少，另一方面可能是HGV毒株的變異所致。此外，也應考慮HGV感染並不導致暴發型肝炎的可能性。
與HBV和HCV的重疊感染流行病學和臨牀研究顯示，HGV與HBV和HCV的重疊感染較爲常見。Nakatsuji等，對一組病例作HGVRNA(RT-pCR法)檢測，慢性乙肝患者中陽性率4.9%(4/81);急性乙肝患者陽性率14.3%(3/21);慢性丙肝患者陽性率13.3%(14/105);急性丙肝患者爲13.2%(7/53)。Linnen等對歐洲72例慢性乙肝患者進行HGV檢測，陽性率9.72%(7/72);96例慢性丙肝患者陽性率18.75%(18/96)。以上結果說明，HGV與HBV和HCV的重疊感染率較高，尤其是患慢性丙型肝炎患者中，重疊感染率更高。3種病毒的共同傳播特徵有助於解釋爲何有較高的重疊感染率。
Tancka等分析189例經組織學檢查確診爲慢性丙型肝炎患者，其中21例(11%)重疊HGV感染，單純感染組與重疊感染組比較，除重疊感染組更爲年輕(平均年齡重疊感染組爲46.6±13.0歲，單純感染組爲51.7±10.7歲)外，兩組在性別、輸血史、ALT水平及肝活檢方面均相似，且丙型肝炎病毒的基因型和HGVRNA水平也基本相同。故認爲HGV感染對HCV感染在臨牀與病毒學消長變化方面無明顯影響。Bralet等觀察105例慢性丙型肝炎患者的肝活檢，其中17例(15%)同時感染HGV，用Knodell’s打分法和Metavir分級系統，對肝臟病變進行了病理組織學的半定量檢查，肝炎的活性程度、纖維變性、門脈部位淋巴樣集結、脂肪變性、血鐵質沉着等方面，單獨及重疊感染組均無明顯差異。單獨HCV感染者發生肝硬化19例(22%)，雙重感染者發生肝硬化4例(24%)，兩組間無明顯差異。從而進一步說明HGV感染對肝臟疾病的影響是比較小的。
目前HGV感染的實驗室診斷主要是運用反轉錄聚合酶鏈反應法(RT-pCR)，來檢測血清中HGVRNA以及用酶聯免疫試驗(EIA)檢測血清中抗-HGV抗體。人或動物感染庚型肝炎病毒後約1周左右，血清中可檢測到HGVRNA，一般於感染3周纔出現抗-HGV抗體陽性。因此，RT-pCR法可作爲庚型肝炎病毒感染的早期診斷。國外報道EIA法與RT-pCR法的陽性符合率僅爲3%～18%，不宜作爲HGV感染的實驗室診斷。但最近我國自行研製的抗-HGVEIA法與RT-pCR法的陽性符合率可高達60%，可望用於HGV感染的篩查。
Tacke等報告以HGV外殼蛋白E2重組體作爲ELISA檢測中的抗原，以檢測血清中抗-E2。結果發現，在供血員中抗-E2。陽性率爲9%，HGVRNA陽性率爲25%，而所有抗-E2陽性者HGVRNA均陰性。靜脈注射毒品成癮者中抗-E2及HGVRNA陽性率分別爲41%及38%，而在其注射毒品期間隨抗-E2水平增加，HGVRNA呈平行下降。11例輸血後肝炎患者輸血後HGVRNA均陽性，而抗-E2陰性，但在隨訪中有4例出現抗-E2陽性，且4例中有2例最後HGVRNA陰轉。作者認爲，對E2的免疫反應與所測的血清HGVRNA的消失有關。因而特異性E2抗體可成爲評價HGV感染康復的一個指標。但E2特異性抗體對抗HGV感染的保護作用，或者說在臨牀過程中的作用，還有待進一步探討。
