潛伏期10～60天，平均40天。臨牀表現與甲肝類似，不發展成慢性。兒童多爲亞臨牀型感染。常見臨牀類型有:
1.急性黃疸型佔顯性感染的86.5%。臨牀三期經歷同甲肝，前驅期症狀可持續到黃疸出現後第4～5天。淤膽較爲常見。總病程爲4～6周。
2.急性無黃疸型表現與甲肝類似。
3.淤膽型較爲常見，病程可長達2個月以上。
4.重型約佔5%。高危因素包括:①妊娠婦女;②年老體弱者;③合併HBV感染。多爲急性重型。
5.與其他病毒混合感染
(1)HEV與HAV同時或先後感染者:並不加重病情。
(2)HEV與HBV重疊感染者:患者HBV常有活動性複製，HEV不易被清除。病情易遷延或反覆發作。病情重，發生重型者多，印度報告80.7%的急性重型和75.5%的亞急性重型爲HBsAg攜帶者重疊HEV感染引起。
按照流行病學資料、臨牀特徵和常規肝臟功能試驗結果作爲臨牀診斷參考，結合特異的血清病原學檢測纔是確診的依舊。同時排除HAV、HBV、HCV、HGV、TTV、CMV和EBV等。當有兩種或以上病毒病原存在，則考慮爲重疊或合併感染。
