1、中毒性腸癱瘓:原發病爲腹瀉或敗血症時，易誤診壞死性腸炎爲中毒性腸癱瘓，但後者無便血，x線片無腸壁間積氣等。
2、機械性腸梗阻：X線腹平片上液平面的跨度較大，腸壁較薄，無腸壁間隙增寬模糊，無腸壁積氣，再結合臨牀不難區別。
3、腸扭轉:此時機械性腸梗阻症狀重，嘔吐頻繁，腹部x線平片顯示十二指腸梗阻影像，腹部影響密度均勻深化，存在不規則多形氣體影響，無明顯充氣擴張的腸曲。
4、先天性巨結腸：有腹脹，X線片上有小腸、結腸充氣影，需與早期壞死性小腸結腸炎鑑別。前者有便祕史，無血便，x線片動態觀察無腸壁氣徵。
5、新生兒出血症：生後2～5天出現，可以胃腸道出血爲主，需鑑別。本病生後沒有給予維生素k注射史，沒有腹脹，x線片也沒有腸道充氣和腸壁積氣，維生素k治療有效。
6、自發性胃穿孔：多由於先天性胃壁肌層缺損引起，常見於胃大彎近賁門處。病兒生後3～5天突然進行性腹脹，伴嘔吐、呼吸困難和發紺，X線平片腹部僅見氣腹，無腸壁積氣或腸管脹氣。
