慢性前列腺炎根據病史、症狀、直腸指診、前列腺液檢查等一般診斷並不困難，但對症狀複雜、體徵不典型的人應與以下疾病進行鑑別。
(1)前列腺膿腫多爲急性細菌性前列腺炎併發症，多發於50-60歲，半數患者有急性尿積、尿頻、排尿困難、直腸不適、尿道流膿、附睾炎。直腸診斷前列腺疾病側增大，觸摸柔軟，有波動感。偶爾前列腺膿腫可以自然向尿道破裂，也可以向直腸破裂，被誤認爲是直腸周圍的膿腫。
(2)前列腺結石是指發生在前列腺泡內和腺管內的結石。與前列腺慢性炎症、前列腺積液、腺管狹窄、代謝障礙等因素有關。無機鹽如草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂等沉積在前列腺泡沫內的澱粉樣本，上皮細胞和炎性滲出物形成結石，患者可以表現出慢性前列腺炎的各種症狀，但直腸診斷表明前列腺有結石摩擦感，骨盆x線在恥骨聯合區側有陽性結石影，超聲波檢查表明前列腺結石部有強光帶，有聲影。
(3)前列腺結核症狀與慢性前列腺炎相似，但常有泌尿繫結核或其他部位結核病竈的病史，直腸指診檢查前列腺呈不規則結節狀，附睾腫大變硬，輸精管有串珠狀硬結，前列腺液結核桿菌直接塗片或PCR檢測有結核菌。
(4)前列腺癌晚期可出現尿頻、尿痛、排尿困難等症狀，但患者常有消瘦、疲勞、貧血、食慾不振等明顯全身症狀，直腸診斷前列腺有硬塊，表面高低不平，血清前列腺特異抗原和前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活檢可發現癌細胞，超聲波檢查可見腺體增大，邊界回聲不整齊或有缺損，內部光點不均勻，癌腫部位有較亮光點或光團，CT檢查可見前列腺形態不對稱，若腫瘤向包膜外浸潤，可見精囊和膀胱後壁的組織間隙消失。CT可以確定前列腺癌的浸潤程度。
(5)恥骨骨炎臨牀上經常出現慢性前列腺炎的症狀，但直腸診斷和前列腺液檢查正常。主要特徵是恥骨聯合處有明顯壓痛，攝骨盆X線片示恥骨聯合間隙增寬大於10毫米，雙側恥骨上支水平相差大於2毫米，恥骨聯合邊緣不規則，出現侵蝕和反應性骨硬化。
