自體脂肪填充最明顯的缺點是脂肪存活率低。
自體脂肪填充是通過脂肪移植來實現的。如果一次填充更多的脂肪，很容易導致移植脂肪失去血氧供應，導致脂肪鈣化或硬化。如果脂肪存活率低，這意味着身體需要多次提取和填充脂肪，這對健康有害。
當自體脂肪填充整個面部時，脂肪提取注意一次到位的原則。如果提取的脂肪細胞完整圓潤，脂肪細胞與空氣的接觸時間會影響脂肪細胞的質量。當脂肪細胞注射到面部的各個部位時，脂肪細胞的注射技術和排練需要醫生非常熟練的技術，如果醫生沒有足夠的經驗，當注射到面部兩側的對稱部位時，兩側的吸收程度可能會有所不同，導致大小臉的現象。
如果自體脂肪填充前消毒不嚴格，或者手術部位患有慢性炎症，自體脂肪填充容易引起皮膚感染的風險，一般術後5-7天感染部位紅腫疼痛，局部皮膚嚴重潮紅、紫色，或針孔不癒合膿現象。
如果自體脂肪填充手術不當，會增加患者血腫或血液滲出的危害。人體面部神經血管較多，皮下組織或其他部位血管較小。如果吸脂時皮膚受損，很容易引起血腫。如果患者有凝血機制障礙，這種現象更容易發生；此外，如果抽脂過程中局部傷口大，組織間隙過大，很容易引起血液滲出和皮膚瘀傷。
自體脂肪填充對分佈區域的脂肪量有嚴格的要求，注射不能太淺或太深，太淺容易導致塊，太深會導致效果不明顯。因此，自體脂肪填充應遵循少量、均勻分佈的原則，一旦出現不均勻現象，需要到醫院進行修復治療。
填充自體脂肪時，如果一次填充的脂肪過多，可能會導致脂肪攣縮和硬結。因此，在做自體脂肪填充時，對醫生的經驗有嚴格的要求。脂肪填充過少不能達到效果，填充過多也會造成風險。
在進行自體脂肪填充手術時，如果注射的脂肪組織過多，或脂肪球沒有得到足夠的營養和損傷，很容易導致損傷的脂肪細胞液化，最終被身體吸收，或脂肪液化的危害。
在這種情況下，需要及時到醫院進行穿刺抽出液體，或進行負壓引流。
