患者在做完食管癌手術後可能會導致胃腸功能紊亂，所以會出現嚴重腹瀉的症狀，除此之外，部分患者在手術後可能會患上反流性食管炎、呼吸道感染、呼吸性胃排空障礙、吻合口狹窄、膿胸等併發症。
做完該項手術後會導致胃腸功能紊亂，從而出現嚴重腹瀉的症狀，會出現這種情況，可能是切斷了迷走神經或胃泌素濃度過高所造成的。
食管癌手術後可能會出現反流性食管炎，這是最常見的併發症之一，主要表現為患者在進食後身體前屈或夜間臥床睡覺時有酸性的液體和食物，從胃食管反流到咽部或口腔。部分患者還會伴有胸骨後灼燒感、疼痛感、嚥下困難等症狀表現。
食管癌手術雖然沒有切除肺組織，但是因為破壞了胸廓的完整性，損害了肋間肌，尤其是損害了膈肌的完整性，這會使患者肺的通氣泵受到嚴重損傷，所以很容易出現呼吸道感染的情況。如果頸部、胸部和上腹部切口疼痛，或胃已拉入胸內導致肺受壓縮時，患者則會在術後出現不同程度的呼吸困難。
部分患者在手術切除過程中，還需要切除胃壁或胃的一部分，該部分可能和食道、胃相連。這會在功能上產生相互的影響。食管癌切除手術後，很容易出現胃運動失常，這會引起胸胃功能排空障礙，導致大量胃內容物瀦留。
吻合口狹窄是很常見的食管癌術後併發症，一般在手術後2~3周內發生，也可能會推遲到2~3個月才出現。主要症狀表現為患者會有不同程度的吞嚥困難，吻合口狹窄和吻合方式、感染、口瘻有直接關係，患者確診後可以進行電化學介入治療，然後安放食管支架。
正常情況下，食管內會有細菌存在，而該項手術屬於汙染手術，術後可能會出現膿胸的情況。
