導致嬰兒發燒的原因，主要分爲：非疾病因素、疾病因素。
1、非疾病因素
嬰兒體溫容易受外在環境影響：溫度過高（中暑）、衣服穿太多、水份攝取不夠、水份流失（流汗、腹瀉）、房間空氣不流通、劇烈運動前後、某些特殊藥物作用，其它如預防注射也可能引起發燒。如果嬰兒體溫呈現不穩定狀態，那麼就應考慮疾病的可能性。
2、疾病因素
（1）小於3個月的嬰兒發燒
以細菌感染最常見（如B型鏈球菌）；其它如呼吸道、泌尿道、腸胃道受感染或中耳炎也會引起發燒。最嚴重的感染疾病是敗血症。所以新生兒發燒時，一定要帶給醫生檢查，以早期診斷、早期治療。
（2）大於3個月的嬰幼兒發燒
最常見的是感冒、中耳炎、泌尿道感染。中耳炎通常是因感冒的細菌或病毒由耳咽管向上感染到中耳，除了嚴重的中耳炎可以看到膿流到耳朵之外，大部份是無法從外表看到異常現象。
另外，當寶寶有原因不明顯的發燒時，驗尿檢查也是很重要的。大小孩在泌尿道感染時可能出現頻尿、小便痛，甚至於有小便失禁、腰痛的現象。嬰兒則可能只有厭食、吐奶、腹瀉、黃疸等現象，看不出泌尿道方面的症狀，所以非常容易誤診。少部份的泌尿道感染是因爲泌尿器官先天發育畸型，例如腎臟的形狀不對、輸尿管進入膀胱的角度不對等等，需要以手術治療。
