惡性葡萄胎的最主要治療方法是清宮手術。因爲葡萄胎隨時都會有大出血的可能，所以一經發現就要及時採用吸宮術清宮。手術過程中，子宮會逐漸縮小、變硬，吸出物含血量比較多，但都是一些淤血，所以不會影響患者的血壓、脈搏等。即使是子宮脹大到七、八個月的患者都有可能用吸宮術順利清理。第一次清宮的時候不一定要完全清理乾淨，不然會損傷宮壁，可以在一個星期後再做第二次刮宮手術。
如果不採取清宮手術，就要切除子宮。但是採取子宮切除的患者最好是在40歲以上沒有生育要求的，年輕的患者還是建議保留卵巢的。子宮大於5個月妊娠者在切除之前，應經陰道清除宮腔內大部分水泡狀胎塊，以方便手術處理。
另外，貧血患者還可以通過輸血改善情況，長期流血、食慾不振的患者則可以糾正電解質紊亂，爲了避免感染，患者還要使用一些抗炎藥物等。
