病毒性結膜炎可能自愈，但病程較長，期間病情可能加重。建議治療控制症狀，避免對眼部造成更大損害。
部分急性結膜炎可自愈。病毒性結膜炎在患者免疫力較強時可能自愈，但耗費時間較長，期間病情可能加重，甚至影響視力。不建議靠自身免疫力自愈，建議積極治療，控制感染，減輕對眼部造成損害。
急性結膜炎應根據病因選擇相應藥物。細菌性結膜炎可選擇抗生素滴眼液治療，如妥布黴素滴眼液；病毒性結膜炎可選擇抗病毒滴眼液治療，如利巴韋林滴眼液；過敏性結膜炎可選擇抗組胺藥物治療，如色甘酸鈉滴眼液。經正確用藥，可很快恢復。
