巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，又稱“外源性子宮內膜異位症”，巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢部位發生的一種病變，這種病症反覆發作，嚴重影響患者的正常生活，因此子宮內膜異位症在醫學界有“不死的癌症”的稱號。
關於巧克力囊腫的治癒：
1、西醫手術激素療法;西醫認爲巧克力囊腫是一種激素依賴性疾病，通常採用手術搭配激素來治療。激素療法有被稱爲“假孕療法”，主要是讓患者產生假性閉經，仿照懷孕期，用激素來一直月經，緩解一些症狀，激素在一定程度上起到的只是緩解症狀的作用，不能達到治癒的目的。手術治療，一種是剝離囊腫，一種是臟器切除。剝離手術後，巧克力囊腫仍然會復發，複發率高達90％以上。臟器切除複發率比較低，這種手術主要是切除卵巢或者整個子宮，可以達到治癒的目的，但創傷比較大，對患者日後影響也比較大。
2.中醫保守治療：巧克力囊腫在中醫上沒有明確的記載，但可以根據其表現症狀將它納入“瘕”、“痛經”、“不孕”、“月經失調”的範圍內。中醫認爲巧克力囊腫的形成多喝患者自身臟腑功能失調有關，依據中醫辨證治療的法則，以活血化瘀，軟堅散結，疏通經絡等爲立足點，重點辨證虛實，寒熱，暢阻，從內調節臟腑功能，可以標本兼治，治癒巧囊，治癒後複發率低。
3.根據各自需求選擇：中醫保守治療和西醫治療這兩種方法是針對不同人羣的，一般對於有生育要求，不想手術，或者手術復發，年輕患者建議中醫保守治療，中醫保守治療雖然比較慢，但是治療一般不會產生其他方面的衍生症，治癒後患者可正常懷孕。手術治療比較快，激素藥副作用很大，一般手術的創傷也比較大，主要是由於手術後產生的盆腔粘連，可造成此生性不孕症，嚴重者需要整體器官切除。因爲每個人的體質有很大差異，而且有不同的需求，根據自己的實際情況，則需要選擇適合自己的治療方法。
一般建議巧克力囊腫小於8cm的患者採用中醫保守治療，未婚未育的患者，手術復發的患者都可以選擇中醫保守治療;囊腫大於8cm，並且對周圍臟器產生壓迫(對腎臟產生壓迫，對膀胱產生壓迫引發尿頻症)的患者採用手術治療，無生育要求，臨近絕經年齡段的患者可以採用手術治療。
