1．抑制胃酸分泌、中和胃酸儘管很多患者並無高酸，但制酸劑療效卻較肯定。H2受體拮抗劑，如泰胃美800mg，每晚一次，用4周。奧美拉唑20mg，日二次，用2～4周。
2．促胃動力藥胃復安、嗎丁啉均爲多巴胺受體拮抗劑，能促進胃排空，增加食管下括約肌壓力，促進胃竇十二指腸協調動作。胃復安能通過血腦屏障，偶可引起錐體外系副作用，症狀緩解率爲60％～80％。西沙比利爲了HT4受體激動劑，對全消化道動力有促進作用，有良好療效，改善胃排空效果達80％。胃復安劑量爲每日3次，每次5～10mg；嗎丁啉每日3次，每次10mg；西沙比利每日3次，每次5mg，飯前服。
3．根除HP，常用DeNol、四環素或羥氨苄青黴素、滅滴靈三聯療法。國人不易耐受時用小劑量三聯療法（DeNoll20mg，一日4次，滅滴靈0．2，一日4次，連服2周。繼服DeNol240mg，一日兩次2周)。
4．胃粘膜保護藥可試用膠體鉍、硫糖鉛、前列腺素E（喜克潰)、麥滋林S等。
5．飲食定時避免咖啡、巧克力、酸食、甜食、戒菸、戒酒。
6．避免過勞、緊張、應激。進行心理治療有的患者就診目的是瞭解其症狀是否爲某些嚴重的器質性疾病所致，如果他們相信只是功能性消化不良，就不一定用藥，自己會妥善處理自己的症狀。
