甲狀腺癌消融術的療效可靠，對身體造成的損傷小，術後恢復快；但如果定位不準確，可能損傷喉返神經，且探查範圍有限，如果病竈較大，則容易出現遺漏。
甲狀腺癌包容手術的療效比較可靠，能夠有效切除病竈，還可最大限度的保護正常的甲狀腺組織。由於這種手術並不需要開刀，只是用比較細的針穿刺進入局部便能夠達到治療目的，所以對身體造成的損傷比較小，術後恢復的速度比較快，不容易出現嚴重的併發症。
雖然甲狀腺癌消融術存在較多的好處，但也有一定的弊端。若是在這個過程中沒有準確定位，則有可能會損傷喉返神經，影響喉返神經的正常功能，導致聲音嘶啞或者影響正常的發聲。甲狀腺癌消融術的探查範圍非常有限，只能探查以及滅活病竈，並不能探查病竈周圍的淋巴結。甲狀腺癌容易出現周圍淋巴結轉移，單純通過消融術很難將轉移的淋巴結一併切除。如果病竈比較大，應用甲狀腺癌消融術往往很難將其全部覆蓋，容易出現遺漏。
