治療跖疣沒有最佳方法，需根據患者的病情進行選擇，常用的治療方法有物理治療、外用藥物治療。
常見的方法有冷凍、電灼、刮除和激光等，這些都是有效的方法，若是皮損數目多，可以分批分次進行治療。
對於不宜進行物理治療的患者，可根據患者自身的情況進行外用藥物治療。常用的藥物包括水楊酸、二甲亞碸溶液、0.05％～0.1％維A酸軟膏、氟尿嘧啶軟膏、5％咪喹莫特軟膏。需要注意的是，患者的用藥需要在醫生的指導下進行，不能擅自用藥。
