羊水穿刺扎到胎兒四肢一般不會有不良後果，但若扎到頭部或眼睛等部位，則可能會造成意外流產、宮內感染或發育缺陷。
羊水穿刺能有效檢測胎兒是否有染色體異常等情況，屬於一種有創性的產前診斷方法，是侵入性手術，故在穿刺過程中可能會存在有扎到胎兒的風險性。此時若只是扎到胎兒四肢，一般不會造成明顯不良後果，不會影響胎兒正常生長髮育，後續注意定期接受產檢即可。
若羊水穿刺時穿刺針扎到胎兒頭部或眼睛，則可能會增加胎兒意外流產的可能性，且會引起局部出血，可能會造成宮腔內感染，還會影響胎兒正常生長髮育，出現一定的發育缺陷，如大腦智力發育障礙或視力損傷等。但羊水穿刺是在超聲波引導下進行，目前檢測技術成熟，在正規醫院接受檢查出現扎到胎兒的可能性非常小，故不必過於擔心。
