長期服用雷公藤的危害可波及多個系統，如消化系統、泌尿系統、生殖系統、神經系統等。
會造成口乾、噁心、 嘔吐、乏力、食慾不振、腹脹、腹瀉等，嚴重者可出現急性胃出血。
可造成少尿或多尿、水腫、腎功能異常等腎臟損害，嚴重者可出現急性腎功能衰竭。
女子月經紊亂、月經量少或閉經；男子精子數量減少、活力下降。
