初次感染生殖器皰疹的患者中，80%~90%爲隱性感染，即沒有臨牀症狀。顯性感染只是少數，一般初次感染恢復後多數轉爲潛伏感染。
原發性生殖器皰疹：潛伏2~7天。患者有頭痛、肌痛、發熱、無力等全身症狀。原發損害是1個或多個瘙癢的紅色丘疹，迅速變成水皰，3~5天后皰疹破潰形成糜爛、潰瘍，伴有疼痛。皮損單發或融合，男性好發於龜頭、冠狀溝、陰莖體或尿道口。一般全身症狀可持續5~7天，整個發病過程約6周。痊癒後仍存在復發的機會。
複發性生殖器瘡疹：多在原發感染後1~4個月內復發，複發率約爲60%疲勞、消化不良、月經來潮、氣候變化、情緒波動等都能成爲誘發因素。復發時多仍在原發部位，臨牀表現與原發性的相似，但症狀輕，皮疹範圍小，病程也短，一般在數日內可自愈。復發前1~2天，局部常有刺癢或燒灼感等前驅症狀。臨牀上所見到的複發性生殖器皰疹患者絕大部分爲男性，女性患者由於症狀不明顯常不來就診。發病後病程較短，一般平均8天能痊癒。
直腸肛門皰疹病毒感染：發生在男性同性戀者。患者肛門直腸疼痛，肛門有分泌物，大便時有裏急後重感。
