子宮頸腺囊腫是慢性宮頸炎引起的，確診後需瞭解是否有病原體感染，如伴隨着感染症狀，可配合針對性的藥物治療，比如存在淋病奈瑟菌感染時，可使用頭孢菌素或頭黴素類藥物治療；如存在沙眼衣原體，可以使用四環素類、大環內酯類、氟喹諾酮類藥物治療。
1、使用經驗性抗生素治療
子宮頸腺囊腫伴隨着感染症狀時，沒有查清楚病原體類型之前，主要使用經驗性的抗生素治療，常用的此類藥物有多西環素、阿奇黴素等。
2、選用針對病原體的抗生素治療
（1)如檢查發現了淋病奈瑟菌感染，可以使用頭孢菌素類藥物治療，也可以使用頭黴素類藥物治療。
（2)如同時存在沙眼衣原體感染，可選擇四環素類藥物治療,也可以選擇阿奇黴素、克拉黴素、氧氟沙星、左氧氟沙星等藥物治療。
