藥物是治療甲亢的一種常用方法，可以避免手術治療帶來的較大風險，但用藥不當同樣會給患者帶來一些副作用，應用時需特別注意以下幾點。
1、服藥期間如用藥不當可出現皮疹、發燒、關節痛、惡嘔、腹瀉、瘙癢等副反應，如果症狀比較輕，可以服用一些西藥，如果症狀嚴重一定要去醫院就診，在醫生的指導下用藥。
2、精神緊張的甲亢患者可適服鎮靜劑，如安定、利眠寧。輕症者若入睡時脈搏低於80次/分鐘，可以不服藥物。
3、妊娠期治療甲亢的藥物，目前一般選用丙基硫氧嘧啶（PTR）、他巴唑，如藥物劑量恰當，對母體、胎兒不致有害。一般每日100毫克以下最安全。
4、抗甲狀腺藥物可自由進行胎兒體內，藥劑宜小，若劑量過大，早孕期可引起流產，並影響胎兒甲狀腺及腦與骨的發育。妊娠期甲亢患者忌用放射性同位素診斷、治療，以防對胎兒的影響。
當出現原有症狀加重，並有躁動不安、嗜睡、昏邊、高熱（39度以上）、心率每分鐘140次以上時，應立即住院治療，切不可耽誤時間。
