出現扁平疣的症狀時，要根據病情的嚴重程度進行相應的治療。不然會導致病情出現更加嚴重的後果。這些治療醫生會根據診斷情況進行相應的治療方案。
1、全身性治療，這種治療適用於患者的出疹程度較多的情況，而且有很大面積的皮損現象，或者是外用的方法沒有太大效果。現在多用胸腺肽，轉移因子，卡介苗多糖核酸，干擾素，左旋咪唑來進行治療。可以採用直接殺滅病毒或者是提高個人的抵抗力來戰勝病毒。
2、局部用藥治療，因爲各種因素的原因，所以在選擇藥物時，也可能出現不同的現象。可以選擇維甲痠軟膏，咪奎莫特，爭光黴素溶液，伊克爾搽劑等。在選擇用藥時要根據個人的具體情況，同時也要注意藥物出現的反應。
3、物理治療適用於疣體數目較少的患者。可以用液氮冷凍，光動力，電灼，CO2激光等來進行治療。再用這種方法進行治療時，操作者的經驗最爲關鍵。如果操作不好就容易留下疤痕或者復發的情況。因此在選擇這種方法來進行治療時，一定要選擇正規的醫院進行治療。
