1、中毒性巨結腸
爲嚴重併發症，見急性暴髮型潰瘍性結腸炎和急性重症患者，其發生率約爲2%。病人出現間歇性高熱、精神萎糜呈重症中毒狀態。腹部很快膨隆、有壓痛、腸鳴音減弱或消失。結腸迅速擴張，腸壁薄，血運障礙，容易發生腸壞死穿孔，病死率極高，可達30%~50%。
2、結腸穿孔
多在中毒性巨結腸擴張的基礎上發生。穿孔後導致瀰漫性腹膜炎或侷限性膿腫。穿孔部位多爲乙狀結腸或結腸脾曲部位。患者多出現高熱感染中毒症狀、腹脹、左側腹部廣泛肌肉緊張、x線透視或平板檢查隔離氣體。
3、下消化道出血
直腸、結腸可廣泛滲血。大部分表現爲血便、膿血便。
4、直、結腸癌
癌變發生率爲0.7%~8%，甚至可達13%。比一般人口高5～20倍。病程在十年以上。
5、直腸和結腸狹窄
是晚期併發症，但很少引起腸梗阻。
6、內瘻
腸腔與腸腔或腸腔與其他空腔器官(膀胱、陰道等)相互粘連，形成內瘻的腸腔與皮膚相通形成外瘻，偶爾發生。
7、肛門及肛周病
如肛裂、直腸周圍膿腫、肛瘻、痔瘡脫落等。
8、其他系統併發症
如非特異性關節炎、結節性紅斑、壞疽性膿皮病、虹膜炎、虹膜睫狀體炎、角膜炎、口炎及腮腺炎、以及脂肪肝、小膽管周圍炎等。
