結腸直腸損傷的治療主要是手術分期治療，具體如下:
一、一期縫合修補穿孔或腸切除吻合術
1、適應證:受傷距手術時間在6h以內糞便溢出少，污染腹腔輕的單一結、直腸損傷，不合並其他內臟損傷或合併損傷不重的患者全身情況良好的年輕患者右半結腸損傷平時創傷或戰時戰線穩定。傷者手術後可留在手術單位觀察一週以上的人員。
2、手術方法：主要有穿孔縫合修補術，結腸切除對端吻合術，右半結腸切除、迴腸末端與橫結腸吻合術。
二、分二期手術
1、適應證:受傷距手術時間超過6h的腹腔內糞便污染嚴重的全身多發性傷口和腹內多器官傷口合併的患者全身狀況差，無法忍受長期手術的年齡大的左半結腸損傷戰時大量受傷者，處理後不能留在救護站觀察一週以上的人。
2、手術方法:主要有結腸外置術、損傷腸褶縫合加近端外置術、縫合加外置術、直腸損傷縫合加乙狀結腸造口術。
