藥物1：免疫促進劑或激素類藥物。這類藥物在國外應用較廣，可有效治療某些深大、久治不愈的潰瘍，並能抑制潰瘍復發長達3-6個月。但激素長期應用可產生某些嚴重不良副作用。免疫促進劑也能降低潰瘍的復發，如轉移因子、胸腺肽等，但此類藥物長期使用後療效有可能降低。
藥物2：新型生物製劑。這類藥物是隨着基因工程的迅猛發展而研究開發出來的新一類藥物，分爲免疫因子和生長因子兩類。免疫因子對放化療後口腔粘膜炎等免疫功能低下患者有顯着療效。生長因子類製劑主要是直接刺激創面細胞分裂增殖，可在潰瘍創面固定成膜，保護創面從而大大緩解患者疼痛，得到好評。
藥物3：中藥製劑。主要成分爲冰片、青黛，具有清熱解毒、活血化瘀、生肌止痛效果。成藥有潰瘍散、養陰生肌散、錫類散、西瓜霜噴劑和複方草珊瑚含片等。複合製劑。如潰瘍膏、潰瘍膜、複方金黴素藥膜等，治療效果準確。
另外，還有一種針對初發口腔潰瘍時使用三合一法對付它有不錯的效果：飯後先用食鹽水漱口2次，漱口後隔1～2分鐘，用清水漱口2遍，再取涼濃茶漱口1～3次，最後取維生素c(0.1克/片)1片，壓碎成粉，用棉籤蘸粉塗於潰瘍表面，閉口片刻。以上方法早晚各一次，潰瘍多在3天內痊癒。
