耳朵和眼睛是不同的感覺器官，它們患病後的疾病性質、致病病原體、組織病理學特徵以及對藥物的敏感性和反應有所不同。如果輕率地拿眼藥水滴耳朵，可能對耳朵疾病的治療帶來以下不利影響。
首先，眼睛除了有炎症性疾病外，還有青光眼、白內障、玻璃體病、老花、近視等耳朵沒有的疾病，因而使用貝他根、貝特舒 、阿法根、白內停、障翳散、新樂敦、阿托品等眼藥水滴耳朵是不行的。
其次，眼睛和耳朵的炎症性疾病的病原體是不同的。常見的眼睛疾病，如紅眼病、沙眼和角膜炎等，其常見致病菌是肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、金色葡萄球菌、沙眼衣原體和細球菌、鏈球菌、假單胞菌、綠膿桿菌、真菌等。常見的耳朵疾病，如慢性中耳炎和外耳道真菌的常見致病菌是變形桿菌、綠膿桿菌、大腸桿菌和真菌。不同病原體所選擇的藥物可能相同，也可能不同，因而簡單地將眼藥水代替耳藥水是不妥當的。
再次，有些含抗生素的眼藥水，如含新黴素的帕利百，含妥布黴素的點必舒，還有慶大黴素眼藥水，用它們治療眼睛是安全的和有效的，理論上也能消滅耳朵內的細菌，但對耳朵有毒性，可以引起耳鳴、聽力下降，嚴重者出現天旋地轉。
最後，眼藥水常以水溶液爲主，而耳藥水因考慮到藥物穿透性，常以水和乙醇爲混合溶劑。水溶液的眼藥水對眼睛刺激較小，有利於眼睛疾病的治療，但對耳朵疾病有時就顯得力不從心。目前，臨牀上仍廣泛使用水楊酸酒精滴耳劑、硼酸酒精滴耳劑。
由此可知，不能隨意將眼藥水代替耳藥水滴耳朵。當然，更不能將耳藥水代替眼藥水滴眼睛，因爲在質量指標上，耳藥水一般要比眼藥水的要求低些。
