爲了避免感染胎寶貝，孕媽咪患黴菌性陰道炎後應積極治療，治療以陰道局部用藥爲妥，不宜服用藥物。在懷孕早期和中、晚期用藥應有所不同。
懷孕早期
由於胎寶貝正處於器官發育形成的重要時期，此時藥物很容易對此有副作用，專家此時多不主張孕媽咪使用栓劑和口服藥，若孕媽咪症狀較輕，最好先選擇一些中藥洗劑改善一下瘙癢症狀。
若感染情況較嚴重，可以進行陰道擦洗後，再在陰道局部上栓劑，但這一過程必須由醫院的婦產科護士完成，以免用藥不慎給胎寶貝帶來不良影響。
懷孕中、晚期
這時候用藥相對比較安全，這時候應徹底解決問題。
爲避免感染新生兒，孕媽咪患黴菌性陰道炎時，應選擇對胎寶貝無害的藥物進行局部治療，操作須注意輕柔。
孕媽咪應注意選擇對胎寶貝毒性小的抗念珠菌藥物。目前認爲咪唑類藥物要優於制黴菌素，被認爲是首要選擇。
這類藥物包括克黴唑（如凱妮汀）、氟康唑等，其中以克黴唑最爲安全、有效。孕媽咪可於睡前將100毫克的克黴唑放置到陰道內。
其次，孕媽咪必須積極祛除導致念珠菌性陰道炎復發的某些誘因，如不穿緊身褲、牛仔褲和化纖內褲等，宜穿寬鬆、透氣性良好的棉布衣褲。
避免用大劑量激素或抗生素，重視會陰部保潔和防治糖尿病等。
再次，要做到治必徹底，預防復發。妊娠期治療念珠菌感染的時間要長於非妊娠期，治療時間應比平常至少延長7天，甚至2周。
