勃起功能障礙（ED）的生殖系統檢查，主要觀察陰莖大小，有無硬結及畸形等情況。正常人陰莖長為4.5~8.6釐米，直徑2.1~3.1釐米，周徑7~9.5釐米。
陰莖硬結又稱陰莖海綿體纖維化，當以拇指和中、食指擠壓陰莖海綿體時常可觸及硬結，陰莖勃起時疼痛且偏向患側，當病變累及兩側海綿體時可影響勃起功能。
尿道上裂、下裂表現為尿道開口異常。尿道下裂常伴有陰莖下彎畸形，輕度者龜頭型下裂一般不影響勃起。而陰莖體部、會陰型下裂，因索條牽引不能伸直勃起，如在青春期前未手術矯正，會影響陰莖發育。
睪丸大小、硬度及位置需常規檢查。正常成年男性睪丸長3.5~5.5釐米，寬2.1~3.3釐米。睪丸模型測量容積12~25毫升，陰囊內未觸到睪丸需考慮隱睪、異位睪丸或先天性無睪症。睪丸容積<12毫升視為先天性發育不良或後天萎縮。雙側均小者，多為下丘腦、垂體及性腺本身病變，而單側睪丸小常見區域性因素影響，如外傷扭轉、精索靜脈曲張、隱睪、睪丸炎萎縮等。
