男性陰莖短小誘發的因素，主要與遺傳、體質虛寒、營養不良，還有過於頻繁的性生活等因素有關。
小陰莖受遺傳基因的影響，及包皮過長，缺乏生長必要空間，使陰莖得不到良好的生長髮育。另外如果屬於體寒、怕冷的體質，長期處於體內陽氣不足，使陰莖內縮於腹腔內，從而造成短小的現象。而後天陰莖短小，主要是睪丸萎縮引起，如長其從事微波、超聲、高溫、放射線等作業男性。
小陰莖的誘發因素與營養不良有直接的關係，母體懷孕期間因用藥不當影響雄性激素分泌，引起先天不足，或青少年發育期間攝入的鋅、雄性激素、維生素E和相關蛋白營養不足，缺乏能量等因素影響。
