流感嗜血桿菌首選藥物並不能完全確定，需要根據個人症狀以及體質不同，所以藥物也會存在一定的差異。可以選擇祛痰鎮咳的藥物，也可以選擇青黴素、紅黴素、頭孢噻肟藥物治療。
1、去痰鎮咳:如果流感嗜血桿菌侵入到肺部組織出現了肺部炎症，伴隨著劇烈性的咳嗽以及咳痰症狀，可以選擇甘草肺力咳藥物，或者是枇杷止咳露，有助於化痰鎮咳，幫助症狀得到改善。
2、青黴素:青黴素藥物是一種明顯的消炎藥物，破壞細菌細胞壁，是細胞繁殖達到良好的殺菌效果，屬於比較常見的抗生素藥物，可以增強人體抵抗疾病的能力，對於流感嗜血桿菌引起的疾病會有治療效果。
4、頭孢噻肟:是一種廣譜的抗生素藥物，對於流感桿菌、大腸桿菌等疾病有較好的治療作用，可以減少細菌繁殖。
3、紅黴素:通常包括羅紅黴素、阿奇黴素，屬於大環內酯類的抗生素藥物，不僅可以治療流感嗜血桿菌，還能夠幫助溶血性鏈球菌引起的急性扁桃體炎或者是鼻竇炎症狀得到改善，還能幫助肺炎沙眼衣原體感染症狀緩解。
