在過去，輸卵管妊娠的主要治療方法是手術。但是最近幾年，隨着醫療科學技術的不斷髮展，大部分輸卵管妊娠在早期時就可被發現，所以現在更多的是使用藥物保守治療的方法。
對於年輕的女性來說，很多都是系輸卵管妊娠之後仍然有生育要求的，如果胚胎直徑沒有超過四釐米，未導致輸卵管破裂，也未影響輸卵管漿膜，腹腔中出血量少，生命體徵穩定這時可以使用口服藥物及之物肌肉注射，或是在超聲波的引導下在孕囊內注入藥物，或是在腹腔鏡下，在輸卵管內注射藥物進行治療。藥物治療的過程中必須對患者的生命體徵進行嚴密觀察，謹防不良反應的發生。
如果輸卵管妊娠在早期時沒有被發現，胚胎的直徑已經達到了四釐米以上，這種情況下就需要進行手術治療。如果輸卵管妊娠已經造成了患者腹腔內有大量出血，這時需進行輸卵管切除術，只有這樣纔可以快速止血，挽回患者的生命。
另一種手術治療方式是保守性手術。保守性手術適用於僅有一側輸卵管也有生育要求的女性。一些年輕的女性，如果這次發生的輸卵管妊娠是第一次懷孕，也應使用保守性手術。首先手術的方法就是將輸卵管切開，將輸卵管內的異物清除，最後再縫合輸卵管。
輸卵管切除術和保守性手術可以使用腹腔鏡完成，也可以開腹完成，兩者各有優點也各有缺點，在手術時建議患者能夠聽從醫生安排，請醫生幫助選擇最合適的手術方式。
