房顫併發症最常見的栓塞是腦栓塞。房顫容易造成左心耳血栓，血栓脫落可能會進入腦血管，引起腦梗塞。
腦栓塞是房顫最常見的併發症之一，發生概率大概是在5%左右。心房顫動的患者發生血栓，主要來自於左心房以及心耳部位，房顫會導致左房附近的附屬結構，也就是左心耳內部，出現血流淤滯及血流緩慢的現象，進而引起左心耳內部血栓形成。左心耳連着左房，一旦左心耳出現血栓，便會脫落至左房，血栓由左房到左室，再進入主動脈及其分支，最終進入腦血管，造成腦梗塞。
由此可見，房顫最嚴重，最常見的併發症是腦栓塞。患者需要終身服用抗凝藥物來防止血栓形成，如硫酸氫氯吡格雷片、阿司匹林腸溶膠囊、華法林鈉片等。也可選擇介入微創手術治療，如左心耳封堵術，這種手術方式能夠防止左心耳內部形成血栓，對預防腦栓塞大有幫助。
