治療細菌性前列腺炎的關鍵是使前列腺組織中抗菌藥物達到足以消滅致病菌的濃度。急性細菌性前列腺炎時，前列腺阻礙抗菌藥物彌散的機制受到破壞，從而使前列腺組織內抗菌藥物能達到較高的水平。但在慢性前列腺炎時，藥物的彌散便較爲困難。
藥物爲何進不去前列腺
抗菌藥物從血液循環向組織轉運的過程中需要經過一層解剖屏障，事實上，大多數的毛細血管牀對抗菌藥物的穿透並無明顯的限制，因此在毛細血管上皮兩側的藥物濃度通過彌散作用最終會達到平衡，而達到平衡所需要的時間因爲彌散面積和房室容積的不同從幾分鐘到幾天不等。但是在人體內有部分區域的毛細血管牀對抗菌藥物的通透性較差，如中樞神經系統、眼、前列腺等，這些部位只有那些脂溶性的藥物纔可通過，如果僅僅是無孔洞的毛細血管牀作爲屏障，脂溶性藥物最終也會在毛細血管兩側達到平衡。但在前列腺炎患者中，前列腺分泌功能的變化引起的前列腺液pH值的改變也可能影響藥物向前列腺內滲透。
影響慢性前列腺炎治療效果的藥物因素
上述機制就是爲什麼體外實驗病原菌對抗生素具有敏感性，可臨牀中想治癒慢性前列腺炎卻非常困難的原因，因此多種因素能對慢性前列腺炎的治療產生影響，如藥物是否爲脂溶性、血漿及前列腺液的pH值高、藥物與血漿蛋白結合的程度等。
