甲狀腺功能減退後治療後，病情能得到有效控制，一般不會影響生存期。如果治療不當，引發併發症時，會影響生存期。 大多數甲狀腺功能減退，不會影響生存期。患病後積極治療，病情可得到有效改善，預後效果良好；即使需終生用藥替代治療，生存期也與正常人沒有太大的區別。 如果甲狀腺功能減退後，治療不及時、治療方法不當等，病情不能很好控制，可能引起心功能減退、血脂異常、黏液性水腫昏迷等，此時可能會影響生存期，嚴重時可出現黏液性水腫昏迷，可在短時間內死亡。
