新生兒拉肚子根據具體病因選擇合適藥物治療，細菌感染用抗生素類藥物，也可用恢復腸道正常菌羣的藥物及腸黏膜保護藥。另外要進行飲食治療。
1、藥物治療
新生兒拉肚子由細菌感染導致，可適當應用抗生素類藥物，副作用較大，需謹慎用藥。還可應用恢復腸道正常菌羣的藥物，調節新生兒腸道菌羣，改善拉肚子症狀，另外就是應用腸粘膜保護藥。
2、對症治療
新生兒拉肚子會引起脫水現象，需及時補水，必要時靜脈補液，防止水電解質紊亂，嚴重者可酌情輸全血或血漿。
3、飲食治療
新生兒拉肚子和餵養不當有密切關係，應改變新生兒飲食結構，如更換奶粉或減少餵奶量。
