目前，已有少數採用經尿道前列腺切除術、前列腺被膜切開術、前列腺精囊全切術等手術方式治療慢性前列腺炎的報道，療效不一。但多數人的意見仍是不推薦採用手術治療，除非前列腺炎伴有下尿路梗阻時可以選用以解除梗阻爲目的的手術治療，理由如下。
第一，前列腺炎是良性疾病，不會影響全身健康;目前有很多對症治療方法，嚴格採用規範化治療多數會取得療效，改善症狀。
第二，前列腺炎不是單一的疾病，而是一組臨牀症候羣，故亦稱爲前列腺炎綜合徵。尤其Ⅲ型前列腺炎(即慢性無菌性前列腺炎或稱慢性盆腔疼痛綜合徵)，病因尚不清楚，但已肯定並非細菌感染所致，亦非僅限於前列腺自身，很可能與前列腺內尿液反流( IPUR)、盆底肌肉痙攣、神經性炎症、免疫性異常，甚至前列腺周圍的組織器官的炎症、患者的精神心理狀態等因素有關。毫無疑問，病因不明確時，手術失敗的可能性極大。
第三，Ⅱ型前列腺炎(即慢性細菌性前列腺炎)發病於前列腺的外周帶，而最常用的經尿道前列腺切除術很難徹底切除外周帶的炎性病竈。此外，外科手術屬於有創性療法，存在手術意外及手術併發症的風險。
