扁桃體發炎時最好暫緩接種疫苗，否則可能使身體不適症狀加重，還會影響疫苗的接種效果。
疫苗的種類很多，大多爲滅活疫苗或減毒疫苗，在機體免疫力下降時暫緩接種疫苗，否則會影響疫苗在體內形成抗體，嚴重時會導致疫苗接種失敗。扁桃體發炎期間，機體免疫力較差，建議暫緩接種疫苗。如應用清熱解毒、對抗病毒的藥物治療扁桃體炎，也可能會因藥物影響抗體的形成。
扁桃體發炎時，許多患者有發燒症狀，這是接種疫苗的禁忌。如盲目接種疫苗，不但影響疫苗接種效果，還可能使發燒等身體不適症狀加重，影響疾病的恢復。這也會干擾醫生的判斷，無法明確身體不適是疾病引起的，還是疫苗接種引起的。
扁桃體發炎後積極治療，大多一週左右可治癒，所以可等待疾病治癒後再接種疫苗。
