目前口腔潰瘍病因不明，可能與下列因素有關：局部或全身免疫功能紊亂;某些營養物質如微量元素或維生素缺乏;一定的家族遺傳背景;消化道功能與內分泌紊亂;病毒與幽門螺桿菌感染，以及精神心理因素等。但這些因素是口腔潰瘍的病因還是誘發因素，尚無明確結論，故醫家迄今未找到根治方法與特效藥物。
1.免疫力低下。現代醫學研究認爲，免疫力低下使身體受到各種疾病的侵襲，口腔潰瘍就是其中一種。
2.精神壓力大。常常生氣、緊張、易怒的人容易被口腔潰瘍纏上。
3.遺傳因素。家庭有口腔潰瘍病史的人比一般人更容易患上口腔潰瘍。
4.缺乏某些營養素。與口腔潰瘍關係最密切的營養素是B族維生素(特別是維生素B2)。此外，缺乏維生素C也會增加口腔潰瘍的機率。由於缺鋅會影響潰瘍癒合，因此有時口腔潰瘍反覆發作且補充維生素後效果不佳時，要想到鋅缺乏的可能。
5.飲食重口。經常口腔潰瘍可能是吃出來的。經常吸菸、喝酒、吃辛辣刺激性食物的人羣容易得口腔潰瘍。
