在各種影像檢查中，CT最能反映肝臟病理形態表現，如病竈大小、形態、部位、數目及有無病竈內出血壞死等。從病竈邊緣情況可瞭解其浸潤性，從門脈血管的癌栓和受侵犯情況可瞭解其侵犯性，CT被認爲是補充超聲顯像估計病變範圍的首選非侵入性診斷方法。
肝癌的CT表現，平掃表現：病竈一般爲低密度，低於周圍肝實質密度，部分病竈周圍有一層更低密度的環影（暈圈徵）。結節型邊緣較清楚，巨塊型和混合型邊緣多模糊和部分清楚。增強表現：靜脈注射碘造影劑後病竈和肝組織密度得到不到程度的提高，謂之增強。包括：
動態增強掃描；採用團注法動態掃描或螺旋CT快速掃描，早期（肝動脈期）病竈呈高密度增強，高於周圍正常肝組織時間10～30秒，隨後病竈密度迅速下降，接近正常肝組織爲等密度，此期易遺漏；病竈密度繼續下降肝組織呈低密度竈，此期可持續數分鐘，動態掃描早期增強圖易於發現腫塊直徑小於1cm或1～2cm的衛星竈，亦有腲於小病竈的發現。
非動態掃描：普通掃描每次至少15秒以上，故病竈所處肝臟層面可能落在上述動態掃描的任何一期而呈不同密度，極大部分病竈落在低密度期，因此病竈較平掃時明顯降低。門脈系統及其他系統受侵犯的表現：原發性肝癌門靜脈系統癌栓形成率高，增強較長顯示未強化的癌栓與明顯強化的血液間差異大，表現條狀充盈缺損致門脈主幹或分支血管不規則或不顯影像。少數病人有下腔靜脈癌栓形成。肝門侵犯可造成肝內膽管擴張，偶見腹膜後淋巴結腫大，腹水等。肺部轉移在胸部CT檢查時呈現異常，比X線胸處敏感。
近年來新的CT機器不斷更新，CT檢查技術的不斷改進，尤其是血管造影與CT結合技術如肝動脈內插管直接注射造影劑作CT增強的CTA（CT-Angiography）、於腸繫膜上動脈或脾動脈注射造影劑於門靜脈期行CT斷層掃描（CTAp），以及血管造影時肝動脈內注入碘化油後間隔2～3周行CT平掃的Lipiodol-ct，（Lp-CT）等方法，對小肝癌特別是1cm以的微小肝癌的檢出率優於CT動態掃描。但上述多種方法中仍以CT平掃加增強列爲常規，可疑病竈或微小肝癌選用CTA和CTAp爲確診的最有效方法。
