由於醫療技術的發展，目前尿結石的治療手段很多，包括一般治療、結石病因治療，體外衝擊波碎石，內腔鏡取石、開放性手術和藥物治療。但選擇哪一種治療方法，結石患者應多聽從醫生的建議。
一般來說，如果結石比較小，臨牀症狀又不明顯，沒有腎積水等其它合併症，在估計結石可能自行排出的情況下，可以先接受藥物排石的方法。
如果結石較大且排出管道較小，則藥物無法排除可以採用體外衝擊波碎石。
如果結石引起腎的嚴重病變應考慮開放手術治療。結石過大（直徑大於3釐米）應手術治療。對原發性甲狀旁腺功能亢進引起的結石，則需要手術切除甲狀旁腺。
中西藥結合治療結石有一定效果。過小結石中藥能促進排出，優於西醫的等待治療。不宜手術的結石，可試用中藥改善。
運動單用或與其他療法結合，有良好的治療效果。運動療法適用於年輕，喝水多，結石位置偏下的急性患者。
