1、15%的人接種疫苗後不能產生抗體，一般接種疫苗後2周左右產生抗體，另外約15%的人對疫苗中含有抗原的刺激反應不敏感，也不能產生抗體，不能達到預防流感的目的。
2、流感病毒每年都會發生變異，流感病毒股幾乎每年都會發生變異，醫藥研發人員每年都會根據當年的病疫情情況、病毒變異的可能結構來配製不同的疫苗。在流感流行的季節，病毒株發生變化，疫苗無法提供有效的保護。
3、流感疫苗對普通感冒沒有用，流感和我們平時說的感冒有很大區別。普通感冒是由多種病毒和細菌引起的，臨牀表現爲鼻塞、流涕、打噴嚏、咽痛、聲音嘶啞、流淚等常見症狀，約3~5天痊癒，不流行，預後良好。
流感是由流感病毒引起的，臨牀表現爲高熱、頭痛、寒顫和乾咳、全身乏力、四肢痠痛、厭食等，一般要持續一兩週。流感可引起支氣管炎、肺炎、中耳炎、心肌炎、心包炎、中樞神經系統異常等多種併發症，甚至死亡。
流感疫苗只針對甲、乙、丙三型流感病毒引起的感冒，但不針對其他病毒和細菌引起的普通感冒，只能緩解普通感冒的症狀，縮短週期。
