新生兒便祕是由多種因素引起的，2-14歲小兒功能性便祕的發病率爲3.8%，城區高於農村，女童高於男童。如何檢查新生兒便祕？一般檢查分爲
1、肌肉電圖
盆底肌肉和肛門外包括約肌肉電圖觀察是評價慢性便祕的有用方法，正常人休息時盆底橫紋肌肉張力維持緊張狀態，應用體表皮膚電極檢測，一切正常兒童排便時肛門外包括約肌肉張力下降，便祕兒童只有42%
2、直腸鏡
乙狀結腸鏡及纖維結腸鏡檢查 這幾種檢查可直接瞭解腸黏膜狀態，由於便祕，糞便的滯留和刺激，結腸黏膜特別是直腸黏膜常有不同程度的炎症性改變，表現爲充血，水腫，血管走向模糊不清，此外，在痙攣性便祕可見到腸管的攣縮性收縮，腸腔變窄。
3、腸胃x線鋇劑造影
可根據鋇劑在腸胃內運行的情況，瞭解腸胃運動功能狀態，區分張力減退性便祕和痙攣性便祕，及時發現器質性病變，如先天性巨結腸、腫瘤、結核等。
4、X線排糞造影
近年來由於排糞造影（defecography）檢查法的臨牀應用，可對肛門括約肌和肛門直腸作靜態及動態觀察，並可快速攝片（每秒2～4張），連續觀察排糞動作全過程，發現有些便祕是由於出口有不同程度的梗阻，如直腸套疊，直腸前突，盆底肌痙攣綜合徵等，這些梗阻都是臨牀及內鏡檢查難以發現的，實際上不屬於習慣性便祕的範疇。
5、肛管直腸測壓術
肛管直腸測壓術是兒科常用的一種瞭解直腸肛門功能障礙的技術，遇有嚴重便祕的患兒可用測壓術確定直腸擴張時的阻力，肛管的靜息緊張度，肛門隨意肌收縮的強度以及病兒對直腸擴張的自我感覺，並可對肛門括約肌反射做出評價，注意必須由有經驗的人員來操作，以免對結果判斷錯誤，根據Karen對慢性便祕患兒的肛門直腸和遠端結腸動力學研究，幾乎全部病例都有功能異常。
