兒童正處於生長髮育期，身體各個器官尚未發育成熟，對藥物的耐受程度與成人不同，用藥方法亦有差異。藥店裏的藥品種類繁多，一些藥品廣告也容易誤導家長，進而造成不合理用藥，甚至導致不良反應。因此，專業藥師的指導對於保證兒童合理用藥尤其重要。
使用抗菌藥物須慎重
對於感染性疾病，首先要區分是細菌感染還是病毒感染。嚴重的細菌性感染必須遵醫囑應用抗菌藥物，否則可能使病情加重，甚至發展成敗血症、腦膜炎等嚴重疾病。需要注意的是，出現細菌和病毒同時感染時，絕大多數患兒不需要“抗菌藥物+抗病毒藥物”同時使用。
減少抗菌藥物的使用對減少耐藥的發生很關鍵。不過，一旦開始使用抗菌藥物，一定要保證足量、足療程，將細菌徹底殺死，避免耐藥細菌的產生。此外，抗菌藥物不是越貴越好用。如果懷疑細菌感染，可配合醫生進行相應標本（血、尿、痰、便等）的採集，根據細菌敏感性選用適合的抗菌藥物。使用抗菌藥物一定要有醫生的處方，家長不能僅憑症狀和經驗，就給孩子使用之前剩下的抗菌藥物。
不可濫用抗病毒藥物
目前，尚無專門針對普通感冒的特異性抗病毒藥物，因此不必藉助抗病毒藥物醫治普通感冒，過度服用抗病毒藥物還會明顯增加相關不良反應的發生概率。有些複方感冒製劑的組分中加入了金剛烷胺，此藥僅對甲型流感病毒有抑制效果，而對引起普通感冒的鼻病毒等並無治療效果。
不少家長沒有弄懂複方感冒藥成分，同時就給患兒服用2種以上的複方感冒製劑，這會導致僞麻黃鹼、鎮咳藥（右美沙芬等）、抗組胺藥（氯苯那敏、西替利嗪、酮替芬等）的超劑量用藥，不但不能縮短病程，反而會增加藥物不良反應，給患兒帶來安全隱患。
正確選擇退熱藥
對乙酰氨基酚是兒童最常用的退熱藥，一般口服或直腸給藥。布洛芬製劑與對乙酰氨基酚一樣，副作用少，也是兒童退熱的一線用藥。需要注意的是，二者只可選其一，不可聯合使用，目前臨牀上尚沒有聯合用藥的有效性和安全性數據。
另外，大部分感冒藥中都含有退熱藥成分，如果沒有醫師或藥師的指導，不可採用“感冒藥+退熱藥”的方案，以免釀成藥源性肝損傷或其他嚴重後果。
治腹瀉不僅是“止瀉”
腹瀉時是否需要用藥，不取決於患兒大便性狀和排便次數，而是需要確定腹瀉的原因。如果是細菌感染所致，要用抗菌藥物。如果需要吸附類藥物（蒙脫石散）和微生態製劑（雙歧桿菌四聯活菌片等）聯用，建議先服用吸附類藥物，將腸道徹底“清掃”後，再佐用微生態製劑來調節腸道菌羣。兩者間隔時間至少2小時。
若上述三類藥物共用，應先用抗菌藥物，再用吸附類藥物，最後使用微生態製劑。用藥順序和間隔時間應遵醫囑，切不可自作主張。
