在治療任何疾病的過程中，最可怕的結果是耐藥性。抗病毒藥物耐藥性是乙肝長期治療的主要問題，HBV（乙肝）耐藥可能會帶來嚴重的危害。專家指出，在擁有多個乙肝抗病毒治療藥物的今天，乙肝病毒耐藥已成爲當今乙肝治療領域最大的挑戰。
爲什麼乙肝耐藥？
耐藥的原因有很多，比如乙肝患病率高，患者多，用藥時間長。他曾經在病人中發現，三口之家都是乙肝病毒陽性，肝功能差。他們都用核苷類似物治療。檢測發現他們對乙肝藥物有耐藥性。這樣的例子不是個別現象。據估計，中國約有8萬-10萬乙肝耐藥性；此外，濫用藥物也是一個重要原因，如一些乙肝孕婦選擇核苷類似物預防未來出生的兒童；其他患者擅自停藥；非專業醫務人員非標準藥物也是耐藥性的原因。
耐藥性突變後果嚴重
耐藥乙肝病毒的出現會降低後續治療的藥物療效。耐藥病毒的出現抵消了以往的臨牀效益，導致病毒反彈和血清轉氨酶升高。HBeAg血清轉化率降低，肝病理進展，肝硬化患者肝功能喪失補償和死亡，肝移植後肝炎複發率增加。
不同的研究表明，在上市的幾種核苷類似物中，拉米夫定治療5年耐藥性爲60%-70%；阿德福韋治療的耐藥性比拉米夫定晚，治療5年，HBeAg陰性初治患者的基因耐藥性爲29%；替比夫定治療2年，基因耐藥性爲22%（HBeAg陽性）、9%（HBeAg陰性)；恩替卡韋治療初治患者4年時，基因耐藥性低於1%-2%。需要強調的是，在分析不同研究中不同藥物的耐藥性發生率時，首先要明確耐藥性的定義，然後考慮目標羣體、時間、耐藥性發生率的計算方法和檢測技術。
