我國實行政府調控與藥品價格市場調控相結合的管理模式。納入政府價格管理範圍的藥品是國家基本醫療保險藥品和少數壟斷藥品，約佔市場流通量的20%，銷售額的60%。
制定藥品價格的政府主要是實行最高零售價格控制，生產經營企業可以減少銷售。其他藥品實行市場調整價格，企業自主制定價格。制定藥品價格的主要原則是：補償成本，合理盈利，反映供需，鼓勵創新。在制定價格時，還應綜合考慮社會經濟發展水平、羣衆承受能力和產業發展政策。
政府制定價格的基本程序包括：開展成本和市場價格調查、專家評估或論證、聽取生產經營企業及相關利益相關者的意見、價格宣傳等。
目前，藥品價格存在的突出問題是部分藥品價格較高，臨牀使用高價藥品較爲普遍，廉價藥品企業不願生產，醫療機構不願使用，羣衆藥品成本負擔較重。一些藥品價格高的主要原因是，中國藥品價格經歷了從計劃經濟時期的嚴格控制到90年代初的基本自由化，再到90年代末逐步加強管理的過程。
1997年，政府只管理約200種，但只佔市場流通的20%左右。許多藥品在放開過程中價格迅速上漲，積累了許多矛盾。在重新納入政府定價範圍後，有一個逐步到位的過程來降低藥品價格，緩解價格矛盾。二是現行醫療機構藥品零售價格包括在內"補醫"的費用。
我國醫療服務價格，特別是醫務人員技術服務價格長期較低，醫療機構整體醫療服務，爲了維持醫療機構運營，促進醫療機構發展，滿足醫療需求，國家允許醫療機構通過銷售藥品獲得利潤補償醫療服務損失。隨着醫院機構規模的擴大和硬件建設水平的不斷提高，成本迅速上升，嚴重依賴藥品收入。
改革"以藥補醫"取消藥品中的現狀"補醫"成本還需要時間。三是流通環節過多，藥品漲價不合理比較常見。另一方面，政府在不斷降低政府定價藥品價格的同時，對調整市場價格的藥品價格仍缺乏監管手段，一些企業不時變更名稱和劑型。
