肉芽腫:一些女性患者因口服避孕藥、寄生蟲感染或者自身免疫功能紊亂等原因，肝臟會出現孤立光滑且完整的結節，影像上難以和肝癌區別。建議進行超聲或CT引導下組織學檢查。
肝硬化結節:肝硬化結節最容易被診斷爲肝癌，因爲多數原發性肝癌會發展爲肝硬化，而肝硬化嚴重者會出現大量增生結節，這種結節與早期肝癌較難區分，建議進行超聲或CT引導下穿刺活檢，以便準確診斷。
肝膿腫:患者有乏力、低熱、消瘦、肝區不適等臨牀表現，發病初期難以和肝癌鑑別，需要結合血常規、AFP、肝功等生化指標綜合判斷。
肝血管瘤:肝血管瘤和肝細胞癌易混淆，其實血管瘤生長緩慢，一般沒有慢性肝病病史，臨牀無乏力、納差、腹脹等表現，體徵也不會出現肝掌、蜘蛛痣、黃疸、雙下肢水腫等。
不均勻脂肪肝:部分脂肪肝患者有不均勻的脂肪堆積，有時難以和肝癌區別。臨牀上，脂肪肝不會有肝癌患者的全身表現，如腹脹、腹瀉、右側肝區不適、消瘦等。
肝包蟲病:多見於我國西北牧區。右上腹或上腹部有表面光滑的腫塊，病人一般無明顯的自覺症狀。肝包蟲皮內試驗陽性可資鑑別。
