通常治療腸胃藥物較多，可根據不同病因選擇不同藥物，常見情況如下：
1、腸道感染：如常見急性胃腸炎，與感染相關時需選擇抗感染藥物，如喹諾酮類、頭孢類消炎藥；
2、消化性潰瘍：需針對潰瘍進行治療，患者可選擇抑酸、保護黏膜藥物，促進潰瘍癒合，如質子泵抑制劑類藥物，包括雷貝拉唑、泮托拉唑、艾司奧美拉唑、蘭索拉唑等；
3、消化不良：針對症狀給予對症治療，患者可選擇促動力藥物，比如多潘立酮、伊託必利、莫沙必利等藥物進行治療。此外，患者可補充消化酶製劑，如米麴菌胰酶片、複方消化酶、阿嗪米特腸溶片等；
4、其他疾病：功能性腸病如腸易激綜合徵，可選擇調節腸道運動藥物，如匹維溴銨、馬來酸曲美布汀。此外，當患者出現潰瘍性結腸炎時，可選擇美沙拉秦、激素、免疫抑制劑甚至生物製劑等藥物進行治療。
此外，當患者出現腹瀉時，可針對上吐下瀉症狀選擇對症藥物，如胃黏膜保護劑，包括鋁碳酸鎂、鋁鎂加、替普瑞酮改善上消化道症狀。如果患者腹瀉較嚴重，則可選擇腸道益生菌，如地衣芽孢桿菌、枯草桿菌、雙歧桿菌等，同時可選擇蒙脫石散、黃連素等藥物進行治療。
