慢性腹瀉的的發病一般與各類消化系統疾病和全身性疾病有關係。這類疾病一般起病比較緩慢，但是病程較長，患者在患病之後最主要的症狀是排便的次數增多、排便量明顯加大、糞便成稀水樣等，嚴重的還會出現膿血便，在治療方面可以從以下方向入手。
1、飲食管理
對於出現慢性腹瀉的患者，應根據導致患病的原因進行飲食結構的調整。對於由於乳糖不耐受引起的患病，需要儘量避免食用含有乳糖和麥芽糖的食物。如果患者屬於高滲性腹瀉，則應該停止進食高滲性的食物，另外在飲食上應該以半流質食物爲主。
2、藥物治療
首選的治療藥物是止瀉藥物，最常用的是雙八面體蒙脫石散和地芬諾酯，前者是通過保護胃黏膜達到止瀉目的，而後者的主要作用是減少腸胃的蠕動。另外大部分長期腹瀉的患者都會伴隨電解質失調的情況，因此患者應通過靜脈滴注的方式補充生理鹽水。
3、中醫治療
在中意的角度來看，慢性腹瀉主要是由於體虛溼盛導致的，因此在治療上主要以運脾化溼爲主，比較常用的藥物是參苓白朮顆粒、痛泄寧顆粒以及四神丸。
4、糞菌移植
糞菌移植主要是通過調節腸道內的菌羣平衡來改善腹瀉的症狀，具體的做法是從健康供糞者的糞便中提取腸道功能菌急性培養，並一直到患者體內，重建患者大腸內的微生物羣落。
上述四種方式就是治療慢性腹瀉的主要原因，其中藥物治療最爲常用，除了介紹的幾種藥物之外，還可以選擇解痙止痛類藥物、抗生素以及腸道微生物製劑等藥物。在治療效果方面，由於這類疾病病因複雜且病情頑固，因此患者通常預後不好，需要長期服藥控制。
