慢性腸炎可能由急性腸炎遷移或反覆發作而來，病程多在2個月以上。長期過度疲勞、情緒激動、過度精神緊張，加以營養不良，都有可能引起慢性腸炎的原因，慢性腸炎急性發作時，可能會發高熱、腹部絞痛、噁心嘔吐、大便急迫等。慢性腸炎病人多半身體虛弱、抵抗力差，因而更應注意飲食衛生，不吃生冷、堅硬及變質食物，不喝酒，不吃辛辣刺激食物。
在治療慢性腸炎時，如果是病菌感染性的慢性腸炎，可以採取的是病原治療的方法。根據不同的病菌採用不同的抗菌藥。當然，對於有的病菌來說，很輕微時，可不用抗菌藥也能自愈。另外，病毒性的慢性腸炎也不需要，一般可自愈。
慢性腸炎治療重點不在藥物，而在於平常的飲食。只有通過精神調適和改變行爲等方式，才能從根本上調整胃腸道功能紊亂。傳統治療上應用飲食療法、保持心情愉快對症狀也是有幫助的。
飲食應選用易消化的優質蛋白質食品，如魚、蛋、豆製品及富含維生素的新鮮嫩葉菜等。最好食用菜汁。因爲慢性結腸炎病人消化吸收功能差，應採用易消化、半流、少渣飲食，少量多餐，以增加營養，改善症狀。
患者在日常生活中應加強飲食衛生和水源管理;不吃腐敗變質的食物，不喝生水，生吃瓜果要燙洗，要養成飯前便後洗手的良好習慣。
