體外衝擊波碎石可適用於腎、輸尿管結石和膀胱結石。經過十幾年的臨牀應用，體外碎石技術已被驗證是一種創傷小、安全有效和使用方便的治療尿路結石的理想方法，但是體外衝擊波碎石還有一些禁忌症需要注意。
（1）結石以下有尿路梗阻：因碎石後結石無法排出；且由於結石碎石後容易堆積而加重梗阻，故解除梗阻前不能應用體外衝擊波碎石治療。
（2）不能治癒的出血性疾病及抗凝過程中的患者：因碎石過程中不可避免地會造成尿路的微小損傷，若已有出血性疾病，可能形成大的出血及出血不止。
（3）腎功能不全者：衝擊波碎石可引起腎內微小出血、血腫及水腫，如腎功不全，又需多次碎石治療，則容易加重腎功能損害。
（4）身體過分肥胖者：因肥胖導致腹圍過大，使震波不能到達結石而影響治療。
（5）急性尿路炎症者：急性尿路炎症可因碎石造成炎症擴散甚至敗血症，可抗炎治療後再作碎石治療。
（6）孕婦。
（7）新發生的腦血管疾患，心力衰竭及嚴重心律不齊者。
（8）肝功能損害者。
（9）腎動脈硬化者。
（10）安置心臟起搏器者。
此外，嚴重骨關節畸形影響碎石體位的也不適宜。
