新生兒牛乳蛋白過敏的治療是通過迴避牛奶蛋白，改爲配方奶餵養，若合併有過敏症狀時，可予以抗過敏治療如西替利嗪、潑尼鬆片，若合併有腹瀉，可予以益生菌、蒙脫石散治療，治療週期一般爲3~18個月。
一、病因治療
迴避牛奶蛋白，改爲配方奶餵養，根據患兒過敏症狀、營養需要、安全性、口味接受度、遠期效應以及經濟因素選擇合適的配方奶餵養，遵醫囑可供選擇適度水解配方奶、深度水解配方奶、遊離氨基酸配方奶，母乳餵養明確乳母進食牛奶後過敏者，繼續母乳餵養，建議乳母嚴格迴避牛奶及奶製品，同時母親應每日補充維生素D及鈣劑，應在3~6個月內進行重新評估，以確定是否可以調整配方奶及奶製品種類，儘早改用適度水解配方奶。
二、藥物治療
1、抗過敏藥物治療：可選用白三烯受體拮抗劑如孟魯司特鈉咀嚼片，抗組胺藥如西替利嗪，糖皮質激素如潑尼鬆片、地塞米松等，腎上腺素可用於急性過敏性休克搶救。
2、對症藥物治療：若合併皮炎，可予以抗組胺藥，外用爐甘石洗劑，腹瀉便血時可予以益生菌調節腸道菌羣，蒙脫石散保護腸黏膜，硫酸鋅促進黏膜修復等。
三、手術治療
本病一般無需手術治療。
